Perugia si adagia su una acropoli collinare che sorge all'altezza media di circa 450 m s.l.m.. Nel punto più alto, Porta Sole, l'altezza è di 493 m s.l.m., caratteristica che ne fa la città italiana più popolata fra quelle poste (altitudine della casa comunale) ad un'altitudine superiore ai 250 metri sul livello del mare. Il centro storico si sviluppa intorno a questo punto, in parte cinto dalle antiche mura etrusche e medievali; il resto del territorio cittadino scende tutto intorno fino ai 280 m s.l.m. della valle di Pian di Massiano. Il territorio comunale, invece, arriva ai 170 m s.l.m., toccati nei pressi del corso del fiume Tevere, che ne segna i confini sud con il territorio di Torgiano. Perugia sembra costruita su una sola collina, ma in realtà sono due: il colle del Sole e quello dei Landoni. La massima depressione tra le due alture si estende dal fosso di Santa Margherita, a est, al fosso della Cupa, a ovest. In epoca etrusca si scelse quest'area in quanto ricca d'acqua, ma presto ci si accorse che il terreno era anche piuttosto franoso. A nord, i rilievi di monte Tezio e monte Acuto la separano dal comune di Umbertide, mentre un lembo di territorio arriva a toccare, all'estremo occidentale, le alture che circondano il lago Trasimeno. Ad est, infine, i primi contrafforti collinari dell'Appennino Umbro-Marchigiano la tengono in contatto con i territori del comune di Assisi e Gubbio.
Il clima: Perugia gode di un clima temperato di tipo sublitoraneo interno con una temperatura media annua di poco superiore ai 13 °C. Il mese più freddo è gennaio, con una temperatura media di 4,2°C e il più caldo luglio, con medie leggermente al di sotto dei 23°C. Le precipitazioni annue sono generalmente comprese fra gli 800 ed i 900 mm (850 mm per il periodo 1961-1990, distribuite su 96 giorni). Talvolta, in inverno, le precipitazioni assumono un carattere nevoso
Eventi: Umbria Jazz: è la più importante rassegna di Jazz in Italia e una delle più importanti al mondo, il festival cade nel mese di luglio dal 1973.
Eurochocolate: la kermesse europea del cioccolato, si svolge in ottobre.
Grifonissima: gara di corsa podistica, agonistica ed amatoriale, per le strade ed i vicoli della città, nata nel 1981. All' edizione 2007 hanno partecipato in quasi 14.000.
Fiera dei Morti: una grande fiera popolare che si tiene la prima settimana di novembre sin dal Medioevo. Anticamente si svolgeva in centro, a partire dagli anni settanta del secolo XX si svolge nella vasta area del parcheggio di Pian di Massiano.
Festa di San Costanzo, in onore del santo patrono: il 29 gennaio, quasi tutti gli anni, viene organizzata una fiera lungo Borgo XX Giugno.
Marcia della pace Perugia-Assisi, con cadenza biennale, si svolge in ottobre.
Festival Internazionale del Giornalismo, si svolge ogni anno in aprile.
Bagliori d'autore, rassegna letteraria iniziata nel 2005, si svolge per circa una settimana a fine ottobre o inizio novembre, con una edizione parallela a Milano.